MALDI-TOF MS is used to identify proteins by matching a list of experimental peptide masses with the calculated list of all peptide masses of each entry in a database.

• 例如，未知蛋白质经蛋白质酵素裂解后，藉质谱仪可得到裂解产生之各种胜肽的分子量。它们可和资料库中已知蛋白质预测之胜肽的分子量比对，比对之结果可用以辨识该未知蛋白质。